Великую Отечественную войну начинал в боях на Украине, завершил в Берлине. 

В марте 1942 года под Харьковом за героический воздушный бой «7 против 25», как командир авиационной эскадрильи, удостоен ордена Красного Знамени. 

В Сталинградской битве принимал участие от начала до конца. До сентября 1942 года был командиром истребительной авиаэскадрильи 8-й воздушной армии. С сентября 1942 – зам. командира истребительного авиаполка 8-й воздушной армии, группа «асов». С ноября 1942 - командир 31-го гвардейского истребительного авиаполка 8-й воздушной армии. 

За участие в Сталинградской битве награждён вторым орденом Красного Знамени. 

Борис Николаевич Ерёмин воевал на персонально вручённых ему двух истребителях Як-1 и Як-3, построенных на деньги колхозника Ферапонта Головатого.  

Дважды ранен, два раза его самолёт был сбит, из горящего самолёта прыгал с парашютом. Произвел 342 боевых вылета, из них: свыше 100 штурмовок войск противника, провёл 70 воздушных боёв , сбил 23 самолёта .